PME heeft de sleutelfuncties, waaronder de interne auditfunctie, sinds 2019 ingericht. Sinds 2022 is Trudy van der Kloet de sleutelfunctiehouder interne audit en vanuit die rol is zij ook vaste deelnemer aan de vergaderingen van de ARC-commissie. Zij stelt jaarlijks een audit­jaarplan op, dat het algemeen bestuur vaststelt. Daarna neemt zij het plan in uitvoering. Zij stelt de ARC-commissie vier keer per jaar op de hoogte van de gerealiseerde voortgang. De ARC-commissie heeft een taak in de voorbereiding van het intern toezicht door het niet-uitvoerend bestuur. Daarom stelt de sleutel­functiehouder interne audit de ARC-commissie op de hoogte van alle voor het intern toezicht relevante bevindingen en aanbevelingen naar aanleiding van de uitgevoerde audits.

Zowel de processen binnen de eigen PME-organisatie als die bij de uitvoerders van uitbestede werkzaamheden kunnen onderwerp van een audit zijn. Voor audits binnen de eigen PME-organisatie treedt BDO op als vervuller van de interne auditfunctie. Voor wat betreft de audits op de uitbestede processen op het terrein van vermogensbeheer maakt PME gebruik van het auditjaarplan dat onder verantwoordelijkheid van de directeur interne audit van MN tot stand komt en wordt uitgevoerd. TKP heeft geen eigen interne auditdienst. PME maakt daarom voor wat betreft de audits op de uitbestede processen op het terrein van pensioenbeheer gebruik van het instrument van de Multi Client Audits. Dat betekent dat de fondsen die klant zijn bij TKP gezamenlijk audits laten uitvoeren. De sleutel­functiehouder interne audit van PME heeft een rol in de coördinatie en voorbereiding van die onafhankelijk uitgevoerde audits. Ook hier treedt BDO als vervuller van de interne auditfunctie op.

In 2023 zijn er binnen de PME-organisatie drie audits uitgevoerd, de eerste was naar de werking van het integraal risicomanagement, de tweede naar de opzet van het datakwaliteits­beleid en de derde naar de werking het programmamanagement van het project NPS. Het uitvoerend bestuur heeft de aanbevelingen van interne audit naar aanleiding van de eerste twee audits onderschreven en daar wordt opvolging aan gegeven. De aanbevelingen naar aanleiding van de derde audit zijn in januari 2024 beschikbaar gekomen. Vooruitlopend op de vaststelling van het auditjaarplan 2024 is in december 2023 tevens begonnen met een audit naar de uitvoering van de fases één en twee, zoals beschreven in het Kader datakwaliteit van de Pensioenfederatie.